La diferencia fundamental entre la Obra de René Guénon y la literatura de Frithjof Schuon estriba en la concepción que de la religión tienen ambos autores. Mientras que Schuon concibe el esoterismo como una hiper religión, Guénon aclara a lo largo de su obra (y su correspondencia) que ambas pertenecen netamente a distintos órdenes y niveles de la realidad. Al caer en tan tamaño y deliberado error,¹ Schuon crea una situación que confunde y asimila la religión a la metafísica, impidiendo la efectivización de esta última, negando así su existencia que es en definitiva la única posibilidad verdadera que le cabe al ser humano, ya que ella es la realización del Conocimiento, por la que le toca al hombre el papel de mediador que le ha sido acordado. 

La religión se limita a tres elementos: dogma, moral y culto. Es decir, lo que constituye la ley. La metafísica va más allá de la ley –aunque jamás debería abolirse la ley, es decir la religión, según las enseñanzas del Maestro Jesús–, y se refiere al Conocimiento, la Doctrina y la realización, es decir, la identificación directa con la Suprema Identidad, que al mismo tiempo es y no es. La primera se refiere a la fe, la salvación y un ilusorio más allá al que se accederá en un futuro por medio de toda suerte de rigideces, la segunda a la encarnación del Ser Supremo y la verificación de la Ciencia Sagrada que se manifiesta como una teofanía en el alma del iniciado a los misterios. Ambas labores son duras y delicadas, pero la segunda, pese a sus dificultades, finalmente se hace fácil y se obtiene la Gran Paz; mi yugo es leve, dice el Maestro Jesús. Por el contrario la religión, como fin en ella misma, lleva al fanatismo y se complace en su soberbia, y aún en la ignorancia de que hace gala, reconfortándose en el dolor de sus enemigos. Religión o Muerte es el lema secreto de este personal, netamente opuesto al del iniciado: "La verdad os hará libres". 

La religión es indirecta pues ora a un Dios exterior y su ciencia es la Teología.² La metafísica es interior e incluye la iluminación del alma, es decir que lleva a la deificación del ser humano, y su arte es la Ciencia Sagrada. De ninguna manera negamos la importancia de las religiones reveladas, las cuales, por otra parte, son imprescindibles como ordenadores sociales y depositarias de las semillas del Conocimiento, pero creemos también, y de modo principal, en las palabras del fundador de una de ellas: "Muchos son los llamados y pocos los escogidos." 

El pensamiento religioso actual, tal cual lo conocemos por medio de sus tres exponentes abrahámicos, se refiere exclusivamente a la adopción de la norma, hechos y costumbres susceptibles de cambios en el tiempo. El Conocimiento Metafísico, a la Revelación y al Misterio, siempre inmutables. Ambas, como se dice, pertenecen a diferentes planos de la realidad, a distintos mundos y a disímiles perspectivas. La religión así encarada es una "creencia" exotérica a la que nos adherimos, una ideología que detesta todo lo que se le opone. Por el contrario la Ciencia Sagrada es interior, metafísica –en el sentido etimológico del término–, y se obtiene por la gracia del Señor, y no por pequeños esfuerzos, siempre mediocres e interesados en obtener la "santidad", en el mejor de los casos, o el poder, como en la mayoría. En la religión, nadie se pierde para encontrarse, porque "a priori" ya se ha obtenido el orden al que sólo hay que sumarse.³ Va de suyo, entonces, la superioridad de la una sobre la otra, y la disimilitud de sus contenidos y las personas que se identifican con ambas perspectivas. La sabiduría no tiene nada que ver con la policía, y mucho menos con la contratradición que quiere identificar a Guénon y a la metafísica con la religión. De esto a su asimilación con la política, la manipulación de su obra por los "tradicionalistas", los fundamentalismos y los intereses personales, no hay sino un paso. 

La Religión y sus sacramentos no tienen una relación directa con la Iniciación. Por el contrario los Misterios Menores, o sea las antiguas Artes Liberales componen la médula de la Iniciación de Occidente, fundada en el Dios Hermes (Henoc), el Mercurio Solar, equiparado a Metatron y a Cristo (Sol Invictus). 

Por lo que no hay ninguna posible comparación entre estos dos niveles. La Iniciación comprende a los Misterios Mayores y los Menores. Según Guénon la Religión no tiene nada que ver con ello, es de otra naturaleza. Lo mismo sucede entre la obra metafísica de Guénon y la literatura religiosoesotérica de Schuon. 

Sólo la ignorancia, la mala fe, o aviesas intenciones pueden conjugar el pensamiento de Guénon con el de Schuon. Y aunque este último haya tomado todo su andamiaje intelectual de la obra del primero, sin embargo él mismo se ha encargado de diferenciar su "misión" de la del metafísico francés, al que no sólo no considera su maestro, sino al que juzga duramente y sin ningún atisbo de amor, o agradecimiento, llegando incluso sus comentarios al liso y llano desprecio. 

A continuación publicamos algunas de las afirmaciones de Frithjof Schuon, en su mayoría vertidas en publicaciones dedicadas a René Guénon aparecidas a partir de la muerte de éste.⁴ 

Le siguen otros documentos editados en distintos medios periodísticos de diferentes tiempos y países que hablan del conflicto Schuon-Guénon y de la oposición de ambos pensamientos.